猪或其他动物在吞食了小袋虫的包囊而感染结肠小袋虫病，囊壁经消化液的作用后，虫体逸出变为滋养体，进入大肠定居。以肠壁细胞、淀粉、细菌、粪便中的碳水化合物、红细胞和白细胞等为营养。以横二分裂法进行繁殖。在不利环境或其他条件下，滋养体形成包囊。宿主的粪便中常有许多小袋虫的滋养体和包囊，宿主吞食了散播在外界环境中的包囊而遭受猪结肠小袋虫病感染。

 　 猪结肠小袋虫病人的感染率很低。人的感染主要是吞食被包囊污染的食物和水引起的。包囊对外界环境有较强的抵抗力，在室温下至少可保持活力2周；在潮湿的环境下能存活2个月；在直射阳光下3h才能发生死亡。在10%的福尔马林溶液中能存在4小时。

该病有急性和慢性两种类型，急性型多突然发病，可于2～3日发生死亡。慢性型可持续数周至数月。

患猪表现精神沉郁，食欲减退或废绝，喜躺卧，有颤抖现象，体温有时升高；腹泻为最常见的症状，粪便先为半稀，后水泻，带有黏膜碎片和血液，并有恶臭。重症病猪可发生死亡。仔猪发病严重；成年猪常为带虫者，常常成为猪结肠小袋虫病感染源。